5. Mei 2005 mengawasi daerah perbatasan Indonesia dan Malaysia
6. Tahun 2012 ikut serta dalam Latihan gabungan bersama kapal selam Amerika
7. Tahun 2015 bergabung dalam satuan tugas untuk melaksanakan operasi siaga tempur laut.
BACA JUGA:Pemkot Surabaya Bantu Istri Ksatria KRI Nanggala Jadi Tenaga Kontrak, Pelatihan Jahit, dan Modal
Setelah beberapa penugasan tersebut,KRI Nanggala melakukan perbaikan secara menyeluruh atau overhaul di Korea Selatan selama dua tahun. Setelah bersiap akhirnya KRI Nanggala Kembali terjun untuk menjaga perairan Indonesia.
Sayangnya, Beberapa tahun kemudian yakni tepat pada tahun 2021 sebuah tragedi terjadi pada Monster Bawah laut ini.
Pada tanggal 21 April 2021 TNI AL KOARMADA II dijadwalkan untuk mengikuti latian penembakan senjata strategis Bersama dengan KRI Nanggala 402 di Perairan Laut Utara Bali.
Pada jam 02:30 pagi awak kapal memberikan isyarat terbit atau isyarat mulai latihan.
Lalu pada jam 03:00 pagi mereka meminta izin ke gugus tempur laut II untuk menyelam ke kedalaman 13 meter dan akan menembakkan torpedo.
BACA JUGA:HJKS ke-728, Pemkot Beri Penghargaan Bagi Patriot KRI Nanggala-402
Beberapa saat kemudin, gugus tempur memberikan izin untuk melakukan penyelaman. Namun sesaat kemudian munculah keanehan tepat jam 03:46 pagi periskop kapal sudah tidak terlihat lagi.
Seharusnya,walaupun di kedalaman 13 meter masih terlihat. Tetapi, awak kapal Nanggala masih dapat berkomunikasi sehingga masih dianggap aman oleh gugus tempur laut II.
Memasuki jam 04:00 pagi telah memulai prosedur penggenangan peluncuran torpedo, yang pada saat itu awak kapal bersiap untuk menembakkan torpedo.
Tepat pada jam 04:25 Komandan gugus tugas Latihan memberikan izin untuk menembakkan Torpedonya.
Setelah izin itu diberikan, ditunggulah beberapa saat tetapi KRI Nanggala tidak memberikan respon apapun.
Gugus tugas berusaha memanggil dan menghubungi para awak kapal Nanggala 402. Namun tidak ada respon apapun sehingga dari situlah KRI Nanggala dinyatakan telah hilang kontak.